环境科学与工程学科源于1958年成立的昆明工学院化学工程学科，1978年2月经原国家教委批准，在该学科基础上成立我国第一批环境工程专业。学科目前拥有国家重点(培育)学科、环境科学与工程博士后科研流动站、环境科学与工程一级学科博士学位授予权、环境科学与工程一级学科硕士学位授予权，形成了本科、硕士、工程硕士、博士、博士后完整的人才培养体系。环境科学与工程一级学科博士点下辖环境工程、环境科学、资源化工、环境生态、环境生物、环境医学、再生资源、资源环境规划与管理等八个二级学科博士点。

学科立足于西部环境和生态建设中的基础性、战略性和前瞻性科学问题，紧密围绕固体废物、大气、水污染控制和生态破坏方面亟待解决的重大环境问题开展研究。目前已形成工业废气净化及资源化、固体废物资源化、环境土壤化学和高原水环境污染防治四个研究方向。

工业废气净化及资源化：针对西部地区优势产业中突出的废气污染问题，以研发“废气减排—净化—提浓—资源化”系列共性理论与关键技术为目标，开展工业废气深度净化与提浓、工业废气资源化及先进燃烧技术研究；针对工业废气产生机理及过程，开展工业过程控制的数值模拟，优化燃烧行为，提高燃烧效率。针对云南高原特殊地形气候特征，建立风洞实验室，开展城市大气污染物与工业污染事故风险评价的风洞模拟研究。

固体废物资源化：以西部地区特色优势行业磷煤化工、冶金工业固体废物资源化及无害化为主要目标，围绕国家产业政策要求和地方经济发展需求，开展固体废物综合利用、工业过程固体废物循环利用评价体系等研究。研究、开发固体废物资源化的新技术、新工艺及新设备，建立以有色金属冶金废渣资源化、磷煤化工固体废物无害化处置、微波能在再生资源利用中的应用、以工业固废为原料的环境材料研发等为主的特色研究方向，形成以化学工程、材料工程学科为基础，结合环境保护中涉及的环境影响和工程技术问题，突出资源循环利用、环境保护及可持续发展的学科特色。

高原水环境污染防治：针对云南地区比较突出的高原湖泊面源污染严重、饮用水缺乏且有机污染严重、城市生活污水和工业废水处理技术落后等现状，形成持久性有机污染物环境安全、高原湖泊富营养化控制理论及技术、工业废水处理与水资源化3个特色方向。环境介质中低浓度持久性有机污染物的监测分析方法研究，云南高原湖泊水系的污染特征和生物效应研究；对滇池沉积物沉积物-水界面氮磷迁移释放行为和规律进行研究，揭示特殊水生植物对氮、磷及重金属、类金属和有机物的吸附、吸收、富集和降解规律；采用微电解等电化学技术为核心的工矿企业废水重金属资源回收及同时实现水资源的再利用。

环境土壤化学：云贵高原自然环境脆弱，加上矿产资源和水力资源的全面开发，已成为土壤侵蚀的策源地，并伴随着各种类型污染物迁移和风险发生。环境生态科学与工程学科从理解污染物在高原红壤中的特殊环境地球化学行为机制入眼，结合水土保持、生物多样性、植物修复、污染化学等学科方法，致力于研究污染物的控制和生态系统重建技术，保障生物及环境资源的充分合理利用。